我公司是自开发票运输公司，大部分是挂靠车辆，运输发票由我公司开，这部分收入怎样做账呢？

Answer 1

法规是没有什么挂靠的，所有挂靠车辆开具的发票应视同企业开具的发票，要按企业的收入做账，当然车辆发生的成本费用也要入企业的账务，所有收入回款也必须通过企业账户，给车主的回款视同借给他们支付车辆发生的费用。
如果你们的收入不是全部反映，则你们的核算就可能不规范了。一般的做法是分两套账核算，具体情况单独沟通。

Answer 2

由公司开具的发票当然收入属于你公司的主营业务收入，成本是挂靠车辆的运输成本（这个应该由你公司与挂靠车辆签订劳务或者租赁合同，好好进行税收筹划一下，看怎样能烧交税）