开端
故事开始时场景在马尔福（Lucius Malfoy）家，斯内普（Snape）和魔法部的一个官员亚克斯利（Yaxley）同时伏地魔知道了哈利·波特打算离开德思礼（Dursley）家的日期。而伏地魔借用了卢修斯（德拉科·马尔福的父亲）的魔杖，因为他自己的魔杖与哈利的魔杖是孪生魔杖（同一只凤凰的两根羽毛分别作了两人魔杖的杖芯），在对付哈利时无法正常使用魔咒。伏地魔打算在哈利搬到安全地点的路上把哈利杀掉，而且当时哈利超过17岁。亚克斯利说哈利会在30号，17岁生日时离开，而斯内普作为邓布利多的双料间谍，让蒙顿格斯提出建议让哈利早一星期出发，并根据邓布利多指示给了伏地魔真实情报，以确保伏地魔对斯内普深信不疑。
离开德思礼家的前一天晚上哈利读到了阿不思·邓布利多（Albus Dumbledore）的朋友，绰号“狗狗”的多吉（Elphias Dogbreath Doge）写的讣告，也在报纸上读到了介绍邓布利多家庭的谣言。里面介绍了邓布利多的弟弟阿不福思（Aberforth）和妹妹阿利安娜（Ariana），让哈利十分伤心，他很遗憾没有机会更多地了解邓布利多。
德斯礼一家被两个巫师安全送走，随后凤凰社的成员们把哈利也偷偷送走了。虽然弗雷德，乔治，罗恩，赫敏，芙蓉，蒙顿格斯分别服用了复方汤剂（Polyjuice potion）化成了哈利样子，但是在哈利和海格（Hagrid）一同赶路的途中还是被认了出来，因为哈利看见斯坦·桑帕克，于是用解除武器咒语，避免伤害他。伏地魔和食死徒半途攻击哈利，然而哈利的魔杖自己射出了金色火花毁损了伏地魔向卢修斯借来的魔杖。可惜哈利的猫头鹰海德薇（Hedwig）被杀了。哈利一路艰险终于在韦斯莱（The Burrow）家跟凤凰社会合了。乔治（George Weasley）路上被斯内普用神锋无影咒割掉了一只耳朵（后来被证实是斯内普的咒语打偏），疯眼汉穆迪（Mad-Eye Moody）因为蒙顿格斯的逃离而被伏地魔杀死了。因为伏地魔认为真的哈利会和最强大的傲罗在一起。哈利心怀对伏地魔的愤怒梦到伏地魔折磨做魔杖的奥利凡德（Ollivander），让他告诉他为什么借来的魔杖仍然打不过哈利的。
几天之后魔法部长来到韦斯莱家给哈利、罗恩和赫敏带来了邓布利多的遗赠。给罗恩的是邓布利多的熄灯器（Deluminator, 或Put-Outer），能够把光线全都吸收掉。赫敏收到的是一本用古代如尼文（Runes）写的童话书，名叫《诗翁彼豆故事集》。而哈利的是戈德里克·格兰芬多（Godric Gryffindor）的剑和哈利抢到的第一个金色飞贼。魔法部长暂时扣留了那把剑。三人怎么想也想不出送给他们这些东西是为了什么，不过哈利在他的金色飞贼上看到一行铭文“我在结束时打开”（I open at the close.)。
第二天(1997.07.30)比尔（Bill Weasley）和芙蓉（Fleur Delacour）举行婚礼。克鲁姆看到谢诺非留斯·洛夫古德脖子上戴的标记是死亡圣器，误认为这是黑巫师格林德沃的一个标记。婚礼快要结束的时候金斯莱派他的守护神猞猁来传消息说伏地魔攻占了魔法部（原话：魔法部垮台了，斯克林杰死了，他们来了）。哈利、罗恩、赫敏离开婚礼，赫敏自幼对麻瓜世界很熟悉，所以她把哈利和罗恩用随从显形带到了麻瓜世界的托腾汉宫路。她认为在麻瓜世界比较安全。先是躲到一个麻瓜的咖啡馆，然而三个食死徒马上又追了上来（不是食死徒追上来而是由于哈利说了“伏地魔”一词暴露了行踪），于是他们又转到了格里莫广场12号，这里是布莱克（Black）家的老房子。这时三人偶然意识到在湖中发现的伏地魔的盒子上写着R.A.B.，可能就是小天狼星布莱克的弟弟雷古勒斯·阿克图勒斯·布莱克（Regulus Arturus Black）。他曾试图到湖里取出伏地魔的魂器（Horcrux）并让克利切毁掉它，然而却死在那里。哈利，罗恩和赫敏把雷古勒斯的房间全部搜索了一遍，也找不到真正的魂器。不过家中的家养小精灵克利切（Kreacher），在哈利的命令下告诉他们蒙顿格斯·弗莱奇（Mundungus Fletcher）从这里偷走了盒子。弗莱奇被克利切抓住，不情愿地承认自己拿那个盒子贿赂多洛雷斯·乌姆里奇（Dolores Umbridge），免得自己被逮捕。
寻魂器
在魔法部侦查了一个月之后，三人打算潜入魔法部。他们服下了复方汤剂，伏击了三个魔法部的工作人员并试图从乌姆里奇那里偷出魂器。三人进入魔法部之后发现了很多变化，麻瓜出身的巫师（有一些是被乌姆里奇随便抓的）受到公开审问。原本的喷泉没有了，那个地方竖起了一座雕像，一男一女两个巫师坐在一堆麻瓜的尸骨上。三人在人群中走散，但是最终还是发现了乌姆里奇戴着的挂坠盒，当时她正在讯问麻瓜后裔。哈利把乌姆里奇打倒，赫敏取走了魂器。两人释放了二十多名受到审问巫师，劝说他们尽快离开这个国家，然后和罗恩在电梯会合了。可是亚克斯利（Yaxley）随从显形被带到了格里莫广场（Grimmauld Place）12号，打破了赤胆忠心咒，于是三人只得暂时先逃到举行魁地奇球赛的树林，一路颠沛流离。
如此几个月之后，三人偶然听到一段谈话说魔法部里的格兰芬多剑是赝品，真正的不知所踪。哈利请教了菲尼亚斯（Phineas Black）的画像，原来邓布利多曾经用那把剑摧毁了一个魂器。哈利打算去找真正的剑的下落，但是罗恩反对说找那把剑根本没有希望。罗恩与哈利大吵一架后离开了。哈利和赫敏消沉了很多，但是还是决定前往戈德里克山谷（Godric's Hollow），说不定邓布利多把真的剑留在那里了。
到了戈德里克山谷，二人先是去探望了哈利家的纪念地，随后去了墓地，哈利家和邓布利多家的许多人都葬在这里。这时他们遇到了巴希达·巴沙特，是邓布利多家的老朋友，她还曾经写过教材《魔法史》。二人觉得这个老妇人可能知道剑的下落就跟她回家了。可是谁知道这是一个圈套，老妇人是毒蛇纳吉尼（Nagini）假扮的。幸好哈利和赫敏在这里逃开了伏地魔的追杀，不过哈利的魔杖断了，因为赫敏用了“霹雳爆炸”（爆炸咒）不小心把哈利的魔杖给毁了。而赫敏试图用自己的魔杖修好，可是也失败了。
两人去迪安的森林（Forest of Dean） 躲藏了两天，一天晚上，哈利在一只出现在他们帐篷外的牝鹿守护神的带领下找到了格兰芬多剑的下落。剑沉在树林里冰冻的水潭下，哈利脱了外衣潜到水里寻找宝剑，但是哈利身上的魂器却用链子勒住了哈利，差一点让哈利溺死在水中。幸好罗恩回来了，把哈利从水中救出，也把剑从湖里取了出来。两个人合力用剑把哈利手中的魂器毁掉了。
赫敏见到罗恩回来时有点冲动，歇斯底里地对罗恩大叫，罗恩讲了他的经过：他在芙蓉和比尔的贝壳小屋听广播时从熄灯器里听到了哈利和赫敏的声音，熄灯器里的蓝色光飘进他的体内，使他知道了该怎么做，所以他回到了哈利和赫敏所在的地方。他发现他们已经走了，所以用原办法追踪到这里。赫敏发现了下一步的任务：找到谢诺菲留斯·洛夫古德（Xenophilius Lovegood）——卢娜·洛夫古德（Luna Lovegood）的父亲，并向他讨教故事集上和伊格诺图斯·佩弗利尔的墓碑上出现过的被克鲁姆认为是格林德沃（Grindelwald）标志的三角形记号是什么意思。
死亡圣器
他们到了陋居所在的村子：奥特里－圣卡奇波尔村庄，因为哈利在婚礼上听说过洛夫古德家在陋居附近。在洛夫古德家，哈利、罗恩、赫敏听到了一个以前的巫师的故事。故事是说三个兄弟用魔法造了一座桥，过了一段危险的河流，这让死神很不高兴，但狡猾的死神却说自己佩服他们的本事，答应给他们每人他们想要的东西，于是大哥要了一根战无不胜的魔杖，二哥要了一个能够召回死去的人的石头，三弟要了一个能够让任何人都找不到自己的东西——隐形衣。这三件器物被称作“死亡圣器“，一个是战无不胜的魔杖即接骨木魔杖（Elder Wand）或长老魔杖、命运杖、死亡棒；一个是能让人起死回生的宝石，复活石（Resurrection Stone）；还有一个是隐形衣。哈利相信自己身上的斗篷就是那一件，所以很兴奋。然而很快他们三人就发现谢诺菲留斯(Xenophilius)向魔法部告了密。他的女儿卢娜，被魔法部抓住了当成人质，因为谢若菲留斯出版的《唱唱反调》在帮助哈利，所以他想要是他把哈利等人交给魔法部，自己的女儿或许就能放出来。三人逃脱诸多巫师的追捕时颇为惊险，但是哈利仍然很有勇气，他相信只要收集齐三件圣物就能打败伏地魔。
一连几星期这三人还是没有找到什么死亡圣器或魂器。罗恩在收音机上搜到一个电台，在讲正在发生的事情，此时哈利一不小心吐出 “伏地魔”三个字。伏地魔的名字根本没人敢提起，说出这三个字只会惹上祸端。伏地魔的手下人（不对，是搜捕队 P.S.“搜捕队”是指专门抓捕麻瓜出身和被列入不受欢迎的名单的人以换取加隆的人）马上就找到了哈利、罗恩和赫敏，带到了马尔福家。赫敏受到贝拉特里克斯（Bellatrix Lestrange）残酷无情的审讯、折磨，贝拉特里克斯对赫敏施了钻心咒，追问格兰芬多剑是怎么到赫敏手中的，贝拉特里克斯以为是从她的仓库那里偷来的，幸亏妖精拉环欺骗贝拉特里克斯说那是假的。哈利和罗恩也被囚禁了，被关在一起的还有迪安·托马斯（Dean Thomas）、妖精拉环（Griphook the goblin）、做魔杖的奥利凡德先生以及卢娜。
哈利拿出自己的魔镜的碎片求救，他看见上面有一缕蓝光，像是邓布利多的眼睛，就不顾一切地对镜子喊出自己的位置。多比赶来救了迪安和奥利凡德，可是楼上的人听到幻影移形的声音，于是叫虫尾巴（Wormtail）回来查看，他被哈利和罗恩二人制服，起先虫尾巴死死扼住了哈利的喉咙，不过虫尾巴听到哈利问他“你要杀我吗？在我救过你之后？”之后放开了。虫尾巴因为自己的悔恨之心发作而被伏地魔给的银手掐死了。虫尾巴死后，罗恩、哈利冲上楼梯去救赫敏。多比在他们危险的时候出现，带他们幻影移形了，没有遇上正匆匆赶来的伏地魔。
可惜的是多比却在移形的瞬间被贝拉特里克斯掷出的小银刀杀害。随后几人来到了贝壳小屋（Shell Cottage），比尔和芙蓉的家。（另：哈利在被抓住到安全逃脱期间一直断断续续地进入伏地魔的思想，看到伏地魔找格林德沃，逼问接骨木魔杖的下落，但格林德沃假装没得到过它，后来故意激怒伏地魔，所以伏地魔把他杀了。）
哈利和朋友们埋葬了多比，又重新计划一番。哈利向奥利凡德询问了接骨木魔杖的事情，决定不去阻止伏地魔从上一任主人邓布利多的墓中寻找魔杖。哈利转而询问拉环怎么才能闯进古灵阁，而且答应把本来是妖精做的格兰芬多宝剑送给他作酬劳。详细地计划好之后几人出发去了古灵阁，看是不是有机会在莱斯特兰奇的仓库里找到伏地魔另一个魂器。
逃跑后不久哈利又进入了伏地魔的思想，能感觉到伏地魔在干什么想什么。伏地魔原原本本地回想所有的魂器都放在了哪里，伏地魔也知道哈利正在找自己的魂器。伏地魔想到自己最后一个魂器还在霍格沃茨学校，哈利怀疑那件魂器是学校创始人拉文克劳（Ravenclaw）留下的遗物。哈利觉得要是想拿到霍格沃茨的那个魂器，就应该马上行动，因为如果伏地魔发现其他的魂器不见了一定会加强戒备。
霍格沃茨的第二战
哈利、赫敏、罗恩在霍格莫德（Hogsmeade）的街上触响了宵禁咒，结果被食死徒碰上，是阿不福思的机智救了他们。D.A.成员纳威·隆巴顿因为饿了希望有东西吃，有求必应屋提供的通道——阿不思的妹妹阿利安娜的画像后边，有一条通往霍格沃茨的暗道。
哈利、赫敏、罗恩来到有求必应屋寻找拉文克劳（Ravenclaw）的冠冕。马尔福和他的两个朋友高尔（Goyle）和克拉布（Crabbe）先前而至。 克拉布想炫耀自己的能力及杀了赫敏、哈利以及罗恩而使用了黑魔法厉火（Friedfire），把几个世纪以来学生们攒下的乱七八糟的东西烧得一干二净，冠冕也被烧掉了。哈利、罗恩和赫敏用在那里找的扫帚飞走了，走时还从火里救了德拉科·马尔福和高尔，但是没能及时找到克拉布（Crabbe），所以他被烧死在火中。
弗雷德在与食死徒的战斗中牺牲，海格也差点被八眼巨蛛（Acromantulas）抓到了（这一点我们后来才知道）。哈利又一次进入幻境之后，他和罗恩与赫敏知道了伏地魔在哪里，于是三人来到了尖叫棚屋（Shrieking Shack）。他们看到伏地魔命令毒蛇纳吉尼除掉斯内普，伏地魔以为这样就能把老魔杖的魔力传到他身上。在被毒蛇咬伤的弥留之际，斯内普把自己的部分记忆送给了哈利。哈利在冥想盆（Pensieve）里回顾了斯内普的记忆，原来斯内普一直都是邓布利多一边的，而且他一直都对哈利的母亲莉莉心存爱意。邓布利多命令斯内普情势危急时杀掉自己，况且放在藏有魂器的指环上的咒语已经造成邓布利多的性命只剩一年了。哈利也发现自己身上存有伏地魔的一片灵魂，只要哈利还活着，伏地魔就除不掉。
哈利为以防万一叫纳威（Neville）帮助罗恩和赫敏一起去杀掉毒蛇纳吉尼。这时伏地魔建议双方停火一个小时，以便双方都能料理死伤者，如果一小时之后哈利不自动出现，那伏地魔就会继续杀戮。哈利穿着隐身斗篷走向死亡森林去面对伏地魔，路上他看到了卢平（Remus Lupin）和唐克斯（Tonks）的尸体,还有科林·克里维——一个留下来战斗的学生，才上六年级。他走到死亡森林边缘突然想起金色飞贼上的铭文里的“结局”，于是哈利把金色飞贼放在嘴边，说道： “我要死了”。哈利发现那颗金色飞贼里藏着的果然就是自己曾经猜到的那颗复活石，三件死亡圣器中的一个。于是哈利召唤回了父母的、小天狼星布莱克和卢平的在记忆里一类的东西，他们飘在哈利两旁，给他帮助和心理安慰。
见到伏地魔之后，哈利发现海格被押。哈利一现出身来就被一记阿瓦达索命（Avada Kedavra）咒击倒。哈利醒来时仿佛置身在国王十字车站，碰到了已经去世的邓布利多。也说不清哈利是真的死去，还是邓布利多偶然到哈利梦中来访。邓布利多说哈利并未真正意义上的死亡，因为伏地魔复活时使用了哈利的血液，而哈利的血液恰好又含有他母亲的牺牲护符，即伏地魔未死哈利也不会死亡。
哈利发觉咒语击溃了藏在在自己体内的那一部分伏地魔的灵魂，梦中的火车站角落里有一个将死的生命，或许就是那一点灵魂。他也知道了邓布利多曾经奋力寻找三件死亡圣器，不过理由倒并不那么高尚。最后邓布利多兄弟二人和格林德沃（Grindelwald）曾有一场决斗，决斗中阿利安娜被误伤致死。而事到如今，只有哈利才有资格拥有三件死亡圣器（能够拥有死亡圣器的人是要敢于直面死亡，勇于接受死亡的人，从一定意义上来说，可以被称作死亡的主人）。
哈利也知道了自己的魔杖之所以会击败伏地魔，喷出金色的火焰，是因为哈利在四年级和伏地魔决斗时，哈利的魔杖保存了一部分伏地魔的性格，伏地魔拿马尔福的魔杖时哈利的魔杖认出了他。而后邓布利多问哈利是要“一起走”还是要继续活着除掉伏地魔，他选择了后者。
在森林里，伏地魔让纳西莎去看看哈利有没有死，纳西莎为了找到他的儿子，就隐瞒了哈利还活着的事实伏地魔命令海格把貌似死了的哈利带回霍格沃茨学校。然而纳威勇敢地站起来，拒绝加入伏地魔的食死徒队伍。作为惩罚，伏地魔给纳威施了咒语还给他头上戴上着火的分院帽。就在此时，禁林里的马人都冲上前来和霍格沃茨最后的守护者们一道与伏地魔决一死战。哈利趁乱给自己披上隐身斗篷，而纳威也咒语解除了，从分院帽中抽出格兰芬多剑并砍掉了纳吉尼的脑袋，藏在蛇体内的伏地魔最后一片灵魂就这样被毁掉了。同时厨房的门也猛地开了，一群家养小精灵在克利切的带领下也参与战斗。紧接着安东宁·多洛霍夫（ Antonin Dolohov）被弗立维（Filius Flitwick）教授杀死，贝拉特里克斯被莫丽杀死了。哈利为了保护莫丽不要被伏地魔报复，现出身来施了铁甲咒。
哈利在礼堂里直面伏地魔，表面看起来好像哈利根本没有优势，毕竟老魔杖在伏地魔手中。可是哈利知道老魔杖原来的主人不是斯内普而是马尔福。解除邓布利多武装、决斗时把他打倒的是马尔福，而斯内普只是依照邓布利多的愿望把他杀掉。然而后来解除掉马尔福武力的人却是哈利，所以老魔杖真正的力量应该在哈利这里。最后，伏地魔在施阿瓦达索命咒时被哈利的缴械咒击中，又因为伏地魔用老魔杖对哈利施死咒时因老魔杖不愿伤害自己的主人——哈利，于是让死咒又反弹到伏地魔身上。伏地魔就这样被结果了。
哈利波特在学校的一个断桥上，与赫敏及其罗恩讨论老魔杖为什么没选择伏地魔的原因。后来，罗恩问道老魔杖的去留，哈利将老魔杖放回原处（即阿不思·邓布利多的坟墓），而在电影中则是哈利将老魔杖折为两段扔了下去......
十九年后
哈利·波特和金妮·韦斯莱结婚并养育了3个儿女，分别是长子詹姆．小天狼星、次子阿不思·西弗勒斯与小女儿莉莉·卢娜，分别以哈利的父亲、小天狼星、邓布利多、斯内普、哈利的母亲的名字命名；赫敏·格兰杰和罗恩·韦斯莱结婚并育有二子，分别是长女罗丝和长子雨果。这两对夫妇同时在国王十字车站的9又4分之3站台送子女们上学。莉莉的年龄尚未达到学龄，而哈利的次子－阿不思·西弗勒斯是新生，詹姆是格兰芬多学院的学生，已上学2年。
哈利、金妮·韦斯莱、罗恩和赫敏往车站对面看到了德拉科·马尔福，也看到了他的妻子格林格拉斯以及他们的独子小斯科皮。虽然哈利、罗恩和赫敏很清楚伏地魔及食死徒已被彻底被击败，但他们与马尔福之间的关系却没有多大改变。詹姆看到泰迪·卢平正在与维克托娃亲吻。泰迪是莱姆斯·卢平与尼法朵拉·唐克斯的遗子，也是哈利的教子；维克托娃则是比尔·韦斯莱与芙蓉·德拉库尔的女儿。纳威·隆巴顿已成为霍格沃茨的草药学教授。分院帽在十九年前的战斗中存活了下来，它或许已经被修补，也可能已经被其他物品取代了。
自从伏地魔被击败之后，这19年之中，哈利的伤疤再也没发痛过了，一切都再好不过。
（以上全部为电影中的情节，与小说中有较大出入）
后期采访罗琳补充
其后罗琳补充，哈利、罗恩和赫敏三人皆在魔法部工作。哈利是傲罗指挥部主任；罗恩则先是帮助乔治韦斯莱经营他的的笑话商店后来追随哈利成为了一名傲罗；而赫敏先是在神奇生物管理控制司继续她的S.P.E.W（解救家养小精灵运动），后来调任至魔法法律执行司，为了革除纯血统特权、恢复麻种巫师地位与声誉奔走忙碌。纳威隆巴顿成为了霍格沃兹的草药学教授，其妻子汉娜艾博则成为了破釜酒吧的老板娘。至于古怪的卢娜·洛夫古德，罗琳表示：“我想她现在正四处游历，尝试找寻疯狂的生物。”罗琳认为，“思想开放的她很有可能真是发现一些前所未见的东西”。最后卢娜嫁给了《神奇生物在哪里》的作者纽特·斯卡曼的孙子罗尔夫·斯卡曼。罗琳没有交代哈利、罗恩和赫敏是否重返霍格沃茨完成七年级的学业，但她说哈利不时会回霍格沃茨讲授黑魔法防御术。
