如果仅仅从表面上的原因来看，就是秦惠文王嬴驷在当太子时，受到秦国氏族的蛊惑，犯了商鞅之法，被商鞅依法进行了处罚。由于当时嬴驷还是太子，商鞅将此事告知秦孝公，秦孝公支持商鞅依法处置，于是商鞅对嬴驷的两个老师进行处罚，公子虔被处以劓刑，就是割去鼻子，公孙贾被处以墨刑，就是在脸上刺字。
在刑不上大夫的秦秋战国时期，身为太子，居然因为自已的犯法，而导致老师受罚，这在当时的秦国无疑是晴天霹雳，连太子犯法都与庶民同罪，秦国谁还敢不遵守法律，太子的犯法受罚就成为商鞅依法治秦的榜样，而榜样的力量是无穷的。所以表面的原因就是商鞅依法处置嬴驷，从而得罪了嬴驷，在嬴驷即位为秦惠文王后，受商鞅处罚的公子虔等人诬告商鞅谋反，秦惠文王下令逮捕商鞅，商鞅就逃到封地发兵对抗，兵败身亡后被车裂于咸阳。
当然了，这只是表面的原因，商鞅之死，绝对不是这么简单。况且秦惠文王也不是一个只知道记仇的君王，秦惠文王之才，不亚于他的父亲秦孝公。秦惠文王作为一个被商鞅处罚过的君主，杀商鞅绝不是为了报仇，而是为了当时的政治形势。
商鞅在秦孝公变法期间，为了实行新法，铁腕治法，薄情寡义，为了维持新法，在秦孝公的支持下，说得残酷点就是佛挡灭佛，人挡杀人，虽然保证了秦国国君的利益，增强了秦国的国力，但促动了秦国世袭贵族、王族的利益。比如商鞅取消了贵族世袭，以军功制代替世袭制，没有军功，哪怕前世是再高的地位，也没有爵位，这等于是打击贵族权力，当然要引起贵族的极大怨恨。秦孝公在世时，尚能压制，一旦秦孝公去世，这些旧贵族就开始蠢蠢欲动。
秦孝公在世时，宁愿做商鞅背后的支持者，也要维护商鞅变法，甚至说出：“秦国可以没有太子，但秦国不能没有新法”的话，而秦孝公的大力支持，给了商鞅极大的发挥空间，秦国大部分人只知有商鞅而不知有国君，因为商鞅之法与每个人息息相关。秦惠文公即位后，变法的大权仍然在商鞅手中，而且商鞅在秦国的地位极高，威望甚至超过了秦国国君，秦惠文王选择了杀商鞅的第一个原因就是：杀人立威。
因为商鞅处罚过秦惠文王，现在作为国君的威望明显不如，作为新君即位的秦惠文王想要掌握大权，就必须立威，而立威最好的办法就是杀人，尤其是那些非常重要的人，比如说位高权重的商鞅。秦惠文王杀商鞅的第二个原因就是为了平衡政治势力。秦孝公在世时，商鞅为了维持新法，大力打击旧贵族，旧贵族敢怒不敢言，早就窝了一肚子火，一等秦孝公去世，这些旧贵族联合起来，想扳倒商鞅。
而秦惠文王在明知商鞅没有谋反的前提下，仍然下令逮捕商鞅，就是为了平息旧贵族的怒火，毕竟自已刚即位，需要支持，于是商鞅就成了牺牲品。秦惠文王杀商鞅的第三个原因就是：想独掌大权。秦惠文王毕竟是一国之君，但是秦国的大权很大一部分都掌握在维持变法的商鞅手中，商鞅在秦国变法21年，官至左庶长，是秦国非王族最大的官职了，秦国大大小小的官吏很多都是经商鞅提拔，秦国大大小小的政务都要经过商鞅的处理。
新君即位，一般情况下掌握权力需要一个漫长的过程，国君掌握权力，就一定得剥夺大臣的权力，权力就只有那么多，秦惠文王想要掌握权力，就一定要剥夺商鞅的权力，所以杀商鞅成为秦惠文王即位后干的第一件事。秦惠文王杀商鞅第四个原因，同时也是最不重要的原因，就是秦惠文王毕竟还是恨商鞅的，当年身为太子，依然受罚。但是秦惠文王毕竟是一代明君，虽然杀商鞅，但是依然维护了商鞅之法，因为他明白，商鞅之法确实是为了秦国强大的保证。
商鞅的死有人觉得很可惜，我倒觉得是必然，死的越惨说明变法越成功越彻底。主要有三个方面。
第一、商鞅与秦惠文王的过节。
商鞅曾经当着他的面给他老师用刑，给惠文王心里留下了阴影，颠覆了他从前的价值观。惠文王长大以后可能会明白此举的意义，但是心里的芥蒂是去不掉的。可以说，惠文王对商鞅没有任何好感，一直认为他是一个破坏分子，极端的法制狂热者。这是最表面的原因。
第二、孝公的默许。
商鞅其实历史上也真算不上好人，孝公肯完全放任他改革是秦国需要一颗炽热的坚定的心来帮助秦国建立新秩序，正好商鞅法家人，极端自信，他的人生理想就是颠覆世界，实现自我价值。两人一拍即合，正是利益使他们走到了一起，各取所需。但是当变法大成，他们的关系就发生了微妙的变化。孝公可能提示了惠文王可以杀商鞅，而惠文王做出了选择:比起得罪旧贵族势力，还不如干掉商鞅。刚刚继位就杀了商鞅，惠文王巩固了自己的地位，得到了拥护和支持，再给商鞅按个“造反”的罪名(事实上商鞅也干了)，基本没有人不同意见，一举多得。可以说，秦国变法成功，制度已成，法律深入人心不可动摇，也就不需要商鞅了。这比较深入的原因。
第三、商鞅死于新法。
商鞅变法的核心就是打破传统，去除贵族势力，为君主回收权力，为秦官僚阶级导入新鲜血液，激励人民耕战，立功，升爵位，得土地，极大程度提高了秦国的生产力和战争能力。在变法基本成功以后，旧贵族嗓门依然很大，但权力几乎被架空，商鞅以及他的变法团队就成最后的权力集团，也就成了君王集权的阻碍，也是变法最后的垫脚石。
从这个角度看，商鞅还是死在了自己手里，革命革到自己头上，才是真正的，伟大的革命。这是最核心的原因。秦惠文王用他的战略眼光，敏锐的政治嗅觉得出了“商鞅必须死”这一结论，亲手导演了“车裂”这一幕。从手段上讲，一上台就敢车裂商鞅拥有何等的胆识气魄，有始有终，和孝公用商鞅一起成了政治绝唱。
从我个人的角度看，“商鞅变法”是炎黄之后华夏最辉煌的一次事件。它将一个落后的，极具潜力的秦国打造成一个军国主义战争机器，从更本上建立起对于其他国家的不可逾越的优势，一举改变了历史进程，为华夏的统一创造了客观条件，使得古代中国没有走欧洲一样的道路。我们在吐槽一个文明缺陷的同时，也应该想想那些辉煌，已经现在拥有的一切，也是先人用一次次血与泪的探索与尝试换来的。无论是法家，儒家等思想，抑或是商鞅这样的争议人物，缺了谁可能都不会有这样伟大的中国。
公元前338年，年仅43岁的秦孝公崩，秦惠文王继位，失去保护伞的商鞅被公子虔和旧贵族势力告发“谋反”，秦惠王下令逮捕商鞅。
秦惠王认为商鞅是秦国的千古罪人，瞧他把秦国都给折腾成啥样了，原本那么淳朴老实安守本分的国家，在他右倾主义错误路线的指导之下，变成虎狼之邦了。老百姓们整天憋着玩告密，秦国人都成了虎狼，一点人情味都没有了，这也太不人性化了，所以他要处死商鞅。
其实这全都是秦惠王的借口，如果他真的认为商鞅的政策很不好，那为何杀了商鞅之后，却没有废除新法呢，说白了这就是卸磨杀驴，再加上报了私仇。就像前面说白起的那句话“功高者不赏”，功高者必死，因为当国君觉得除了把国家赏赐给你，已经无法再赏赐什么的时候，就会想办法让你消失！
商鞅的死固然惨，但中间也出现了戏剧性的一幕。商鞅听到秦惠王要灭他的消息，不想坐以待毙，所以连夜出逃。夜晚的时候，想要在一家旅店投宿，可是快捷宾馆的老板告诉他：“商君下了明文规定，想要在我们宾馆开房必须要有身份证，否则我们就要被连坐！”
商鞅倒是有身份证来的，可是他不敢拿出来，上面已经下了通缉令了，他的身份证只能让他死得更快，那跟投案几乎没区别了。所以，快捷宾馆是住不成了，日租房他也不敢去，只有连夜赶路。
商鞅跑到了秦国的宿敌魏国那里，可是魏国人不接受他政治避难的要求。第一因为魏国的公子卯死得太冤枉，商鞅以搞同学聚会的名义，把人家骗到了军营杀害，这事儿做得太不厚道，阴损得没边了。再者，秦国已经强大起来了，魏国人心里也打怵，所以就把他拒之门外了。
商鞅被处车裂之刑
商鞅没办法只好跑回自己的封地，集结了一批民兵准备无力反抗，可是秦国的正规军一到，他立即就被打得稀里哗啦，本人也战死。秦惠王当着全体国民的面把他五马分尸，既报了私仇，也平息了国民和贵族积压了十年的愤怒。
商鞅为了秦国的壮大耗尽了一生的心血。秦国是壮大起来了，已经不需要他了，由变法所产生的副作用需要他用生命来治疗一下，这其实就是利用完了之后再拿他当一把替罪羊！可悲呀，可悲！
