老毛桃制作U盘文件夹里面放了其他的东西，还能不能安装系统

Answer 1

没问题。
启动U盘制作时创建了一个隐藏分区，将启动文件和PE系统保存于此，就是为了防止受其它文件影响，起个保护作用。
U盘剩余空间可以继续当作数据U盘来使用。
当然，要安装系统，U盘里边保存的系统镜像文件不能损坏。