应该合并在当月计发的工资一起申报个人所得税的。个人所得税根据不同的征税项目，分别规定了三种不同的税率：
1、综合所得，适用7级超额累进税率，按月应纳税所得额计算征税。该税率按个人月工资、薪金应税所得额划分级距，最高一级为45%，最低一级为3%，共7级。
2、经营所得适用5级超额累进税率。适用按年计算、分月预缴税款的个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营的全年应纳税所得额划分级距，最低一级为5%，最高一级为35%，共5级。
3、比例税率。对个人的利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，按次计算征收个人所得税，适用20%的比例税率。
扩展资料
（1）省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化，卫生、体育、环境保护等方面的奖金，免征个人所得税。
（2）乡、镇以上人民政府或经县以上（含县） 人民政府主管部门批准成立的有机构、有章程的见义勇为基金会或类似组织，奖励见义勇为者的奖金或者奖品。
（3）个人持有财政部发行的债券和经国务院批准发行的金融债券的利息，免征个人所得税。
（4）国务院《对储蓄存款利息征收个人所得税的实施办法》第五条规定：“对个人取得的教育储蓄利息所得以及财政部门确定的其他专项储蓄存款或者储蓄性专项基金存款的利息所得，免征个人所得税。”
参考资料来源：百度百科-个人所得税
可以参照国家税务总局《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）计算。按照该办法，纳税人当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数对应的个人所得税税率表确定适用税率和速算扣除数后计税。
国家税务总局《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）
二、纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并按以下计税办法，由扣缴义务人发放时代扣代缴：
(一)先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。
如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
(二)将雇员个人当月内取得的全年一次性奖金，按本条第(一)项确定的适用税率和速算扣除数计算征税，计算公式如下：
1．如果雇员当月工资薪金所得高于(或等于)税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
应纳税额＝雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率一速算扣除数
2．如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
应纳税额＝(雇员当月取得全年一次性奖金一雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率一速算扣除数
三、在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。
四、实行年薪制和绩效工资的单位，个人取得年终兑现的年薪和绩效工资按本通知第二条、第三条执行。
五、雇员取得除全年一次性奖金以外的其它各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，一律与当月工资、薪金收入合并，按税法规定缴纳个人所得税。
《个人所得税法》
第六条第一款规定，工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
第九条第二款规定，工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
《个人所得税法实施条例》
第三十五条规定，扣缴义务人在向个人支付应税款项时，应当依照税法规定代扣税款，按时缴库，并专项记载备查。
根据上述规定，工资薪金所得以每月收入额减除费用后计算应纳税所得，按月计征，由扣缴义务人在支付时代扣税款。如果在一个月内取得两个月的工资，应当合并计征个税。但如果属于补发工资的情形，建议携带相关资料向主管税务机关说明情况，经批准后分解到所属月份代扣个税。
2、按照个税法规定，工资薪金所得按月计算，应以纳税人一个月内取得的所有工资薪金所得一并计算缴纳个人所得税。在企业单位实际工作中，确实存在因政策原因、或因资金周转困难等原因导致不能按时发放工资而采取集中补发工资的情形。若按税法规定计算缴纳个人所得税，纳税人的税负明显畸高。各地税务机关特此而发文允许还原至所属月份计算缴纳个人所得税的做法；
3、例如：粤地税发[1999]239号文件《广东省地方税务局关于对补发以往月份工资计算个人所得税问题的通知》、大地税个[1997] 101号文件《大连市地方税务局关于明确调整个人所得税若干政策问题的通知》均对此作了明确；
4、可见，应予结合当地税收相关文件规定予以核实为妥。
有时候企业由于资金困难，或者天灾人祸，可能没办法及时发放工资。等到企业正常的时候，就会在一个月内合并发放数个月的工资。
遇到合并发放多个月的工资的时候，我们先向税局说明情况，最好有书面说明，就等于像是具备了一个案。
向税局说明情况之后，正常申报未按时发放的工资，虽然实际上没有发放，但是也可以正常申报个人所得税。
合并发放工资的当月，把以往应发而未发放的工资踢出，再申报剩余工资的个人所得税。
示例：
2017年12月份的工资4500，正常发放时间是：2018年1月份，但由于企业资金困难，拟定在2018年2月份发。
这样的话，2017年12月份的工资和2018年1月份的工资，就合并在2018年2月份发放了。
1，2018年1月份向税局书面说明情况。
2，2018年2月份正常申报2017年12月份的工资4500元，扣缴个人所得税30元。
3，2018年2月份发放工资9000元，3月份申报个人所得税时：用9000减去2月份已申报的工资4500后，再申报1月份工资，最后扣缴个人所得税30元。
第二种情况：补发以前的工资
还有一种情况，以前的工资已经正常申报了，个人所得税也正常缴纳了。但由于公司对员工以往的工资做了相应的调整，需要补发以前的工资。
这种情况也需要向税局书面说明，然后把补发的工资，摊回到以前的工资，再计算应缴纳的个人所得税。示例：
2017年12月份工资4000元，已在2月份正常申报，并缴纳了个人所得税15元
2018年3月份发放工资4500元，并补发2017年12月份工资500元。
2018年4月份个税=（4500-3500）*3%+（（4000+500-3500）*3%-15）=45元本回答被网友采纳
