有效。根据我过的农村承包土地的实践,合法承包的土地是可以在社员之间交换和自己调整的,但要注意所签协议可能只对协议双方有效。
引用法律:原则上,在土地承包经营期限内,对个别承包经营者之间承包的土地进行适当调整的,必须经村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意,并报乡(镇)人民政府和县级人民政府农业行政主管部门批准。但是实践中也有做不到的情况。
打个比方,协议双方的人出现内部争议。协议是有效的。但是出现第三方时,比如说甲方的地被政府征用了,但是甲方已经把承包经营权转让给乙方却没有登记,那么补偿的话原则上政府只会补偿到登记的甲方,乙方要获得补偿只能找甲方协商。
综上,所以最好在协议中约定出现第三方时双方的权利义务。