1、决斗城市 上篇（52集~97集）
剧情简介：暗游戏在美术馆看见了一块刻有自己、海马、青眼白龙、黑魔导的古埃及石板，意识到了自己之所以不知道自己是谁的原因，即为自己的记忆在三千年前也随着自己的灵魂被封印了，他决定寻找自己遗失的最重要的记忆，而这个方法就是集齐由帕加索斯创作的“三幻神”卡。
另一边，守墓一族的传人马利克为了向法老王复仇，组建了稀有卡狩猎集团“古鲁斯”。他的姐姐伊西丝·伊修达尔为了阻止自己的弟弟对法老王展开的复仇；
将“三幻神”中的“欧贝利斯克的巨神兵”交给海马，希望他能利用海马集团的力量引出马利克并阻止他的阴谋。海马为了从游戏处夺回“决斗王”的称号，在童实野市举办“决斗都市”大赛。
2、决斗城市 下篇（122集~142集）
剧情简介：暗游戏与城之内克也等人都参加了比赛。暗游戏击败了使用盗版“艾克佐迪亚”的猎人 和同样使用“黑魔术师”的魔术师潘多拉，其后在马利克主要人格操控的默剧演员手中夺得了“奥西里斯的天空龙”，并且与海马联手击败了前来袭击的数名“古鲁斯”猎人。
但城之内克也被马利克控制，在码头中强迫暗游戏进行决斗。表游戏不忍暗游戏与城之内自相残杀，愿意牺牲自己让城之内获胜。最后城之内恢复理智，成功将游戏解救出来。“决斗都市”的8强比赛改为在海马集团的飞艇上进行。
暗游戏首先用“奥西里斯的天空龙”击败了暗貘良。在4强比赛中，游戏击败了海马，海马将“欧贝利斯克的巨神兵”与“恶魔的圣域”交给了游戏。决战中与马利克黑暗人格操控的“太阳神的翼神龙”展开了激斗，太阳神被击败后，马利克的主要人格和黑暗人格交换，主要人格投降消灭黑暗人格，游戏胜利，得到太阳神，“三幻神”齐集。
扩展资料：
战斗城市篇登场人物——
1、阿图姆
阿图姆，主角之一，被武藤游戏称为“另一个我”，精通世界上所有的游戏，是游戏进行卡片决斗时的主要人格，也是推动剧情的核心人物，在本篇中，阿图姆参加了“战斗城市”大赛，在这场比赛中，与马利克领衔的古鲁斯集团、宿敌海马、逆袭的暗貘良等各方势力展开了激斗， 最终捍卫了“决斗王”之称号，也集齐了三幻神。
2、武藤游戏
武藤游戏，本是一名普通的中学生，非常喜欢玩游戏。由于身材矮小，在学校常受人欺负。在拼成了千年积木后，他的心中出现了另一个自己（暗游戏）代替其决斗，并凭着自己的真诚与善良交到了知心的朋友。表面看上去弱小又敏感，实际内心却暗藏了令人意想不到的爆发力。
3、马利克·伊修达尔
马利克·伊修达尔，重要反派角色，他是守墓一族传人，为了向暗游戏复仇而参加战斗城市比赛，持有最强神之卡太阳神之翼神龙。在本篇中，由于暗人格觉醒时，主人格的马利克并不知道其间发生的事；而在随后现身的夏迪一言，认定是无名的法老王“暗游戏”所导致的。为了向无名的法老王复仇，决心成为新的法老王；成立了葛鲁兹。
海马篇 （BOSS-海马濑人，青眼白龙牌组 海马公司） （001－002集）
决斗者王国篇 （BOSS-有千年眼的贝卡索斯，卡通牌组 决斗之岛） （003—055集）
决斗城市 上 （BOSS-有假千年锡杖的希利德，陷阱牌组 城市） （056—097集）
乃亚篇 （BOSS-海马乃亚；海马刚三郎 方舟牌组，大法师牌组 虚拟世界） （098—121集）
决斗城市 下 （BOSS-有千年锡杖的黑暗马利克，太阳神牌组 决斗艇、决斗塔） （122—142集）
多马篇 （BOSS-达兹，奥利哈钢牌组 美国） （143—184集）
ＫＣ篇 （BOSS-雷奥；杰克，童话牌组；战女神牌组 海马乐园美国分布） （185—198集）
埃及篇 （BOSS-有千年智慧轮的黑暗獏良，死灵牌组 古埃及） （199—219集）
决战篇 （BOSS-有千年积木的黑暗武藤游戏（法老阿童木），游戏牌组 冥界之门）（220－224集）
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