不会有冲突，因为农村医疗保险在社会保险的范畴之内。
农村医疗保险，是我国社会保障的一部分；农村医疗保险可以使广大农民享受到农村医疗保险的实惠，同时也是社会保障的一项重要内容，更是我国经济建设的重要环节之一。
参合农民可以选择不同医院就诊，一般采取就近原则，选择不同医院的报销比例也有所不同，一般对住院患者的报销比例比较大，可以分为慢性病、特殊病种、意外伤害的情况采取不同的报销比例，可以在一定程度上避免因病致贫、因病反贫的情况。
扩展资料：
农村医疗保险制度建设要处理好普遍保障与分类实施之间的关系。普遍保障是指农村社会保障的对象范围，包括所有农村社会成员及他们所需要的社会保障的各个方面。
社会保险的科学机理是大多数人群分摊少数人群的风险，覆盖面越大，每个保障对象遭遇风险的概率越小，补偿越稳定，这就要求农村社会保障具有普遍性。
分类实施是指农村社会保障的主体、项目、资金筹集、管理方式、待遇标准等方面，要因地制宜、量力而行，在不同地区、不同时期有所侧重和区别。
我国农村幅员广大，区域经济发展很不平衡，为农村实施统一的全国范围的农村社会保障设置了客观障碍，同时，农民对社会保障的要求也不一样，因而必须从农村实际出发，不可搞“一刀切”。
参考资料来源：百度百科-农村医疗保险
参考资料来源：百度百科-社会保险（社会保障制度的一个最重要的组成部分）
农村合作医疗和公司上的社会保险（社会保障保险）是冲突的，大病保险的保障范围要与城镇居民医保、新农合相衔接。城镇居民医保、新农合应按政策规定提供基本医疗保障。
在此基础上，大病保险主要在参保(合)人患大病发生高额医疗费用的情况下，对城镇居民医保、新农合补偿后需个人负担的合规医疗费用给予保障。
高额医疗费用，可以个人年度累计负担的合规医疗费用超过当地统计部门公布的上一年度城镇居民年人均可支配收入、农村居民年人均纯收入为判定标准，具体金额由地方政府确定。
合规医疗费用，指实际发生的、合理的医疗费用(可规定不予支付的事项)，具体由地方政府确定。各地也可以从个人负担较重的疾病病种起步开展大病保险。
扩展资料
以力争避免城乡居民发生家庭灾难性医疗支出为目标，合理确定大病保险补偿政策，实际支付比例不低于50%；按医疗费用高低分段制定支付比例，原则上医疗费用越高支付比例越高。随着筹资、管理和保障水平的不断提高，逐步提高大病报销比例，最大限度地减轻个人医疗费用负担。
做好基本医疗保险、大病保险与重特大疾病医疗救助的衔接，建立大病信息通报制度，及时掌握大病患者医保支付情况，强化政策联动，切实避免因病致贫、因病返贫问题。城乡医疗救助的定点医疗机构、用药和诊疗范围分别参照基本医疗保险、大病保险的有关政策规定执行。
参考资料来源：百度百科-新型农村合作医疗
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