一、职能不同
1、公安部：公安部是国务院主管全国公安工作的职能部门。
2、司法部：中华人民共和国司法部是主管全国司法行政工作的国务院组成部门。
二、组织架构不同
1、公安部：各省、自治区设公安厅，直辖市设公安局；各市（地、自治州、盟）设公安局（处）；市辖区设公安分局，接受上级公安机关直接领导；
各县（市、旗）设公安局，分别接受同级人民政府和上级公安机关领导。县（市、区、旗）公安局下设公安派出所，由县（市、区、旗）公安机关直接领导和管理。
2、司法部：司法部下辖机关厅局一共有23个，分别是：中央依法治国办秘书局、办公厅、政治部、法治调研局、法治督察局、立法一局、立法二局、立法三局、立法四局、监狱管理局、社区矫正管理局。
戒毒管理局、行政复议与应诉局、行政执法协调监督局、普法与依法治理局、人民参与和促进法治局、公共法律服务管理局、律师工作局、法律职业资格管理局、国际合作局、装备财务保障局、机关党委、离退休干部局。
三、工作内容不同
1、公安部：预防、制止和侦查违法犯罪活动；防范、打击恐怖活动；维护社会治安秩序，制止危害社会治安秩序的行为；管理交通、消防、危险物品；管理户口、居民身份证、国籍、出入境事务和外国人在中国境内居留、旅行的有关事务；维护国（边）境地区的治安秩序；
警卫国家规定的特定人员、守卫重要场所和设施；管理集会、游行和示威活动；监督管理公共信息网络的安全监察工作；指导和监督国家机关、社会团体、企业事业组织和重点建设工程的治安保卫工作，指导治安保卫委员会等群众性治安保卫组织的治安防范工作。
2、司法部：监督和指导全国监狱执行刑罚、改造罪犯的工作，监督和指导全国劳动教养工作；制定全国法制宣传教育和普及法律常识规划并组织实施，指导和检查各地区、各行业的依法治理工作，指导对外法制宣传工作，管理法制报刊；
监督和指导全国的律师工作和法律顾问工作，管理社会法律服务机构和在华设立的外国（境外）律师机构；监督和指导全国公证机构和公证业务活动，负责委托港澳地区律师办理在内地使用的公证事务；指导全国的人民调解和司法助理员工作；
管理部直属的高等政法院校，指导全国的中等、高等法学教育工作和法学理论研究工作；组织参加联合国有关预防犯罪领域的会议和活动，承办联合国有关对口部门的往来业务，组织参加国际有关人权问题的法律研讨和交流活动、开展政府间的法律交流与合作；
参加与外国签订司法协助协定的谈判，负责国际司法协助协定执行的有关事宜；参与国家立法工作，组织司法领域人权问题研究；监督大型监狱、劳动教养场所国有资产的保值增值，管理直属单位的国有资产；
指导全国司法行政系统的队伍建设和思想政治工作，协助省、自治区、直辖市管理司法厅（局）领导干部。
参考资料来源：百度百科-司法部
参考资料来源：百度百科-公安部
主要职责
中国公安机关的职责是：预防、制止和侦查违法犯罪活动；防范、打击恐怖活动；维护社会治安秩序，制止危害社会治安秩序的行为；管理交通、消防、危险物品；管理户口、居民身份证、国籍、出入境事务和外国人在中国境内居留、旅行的有关事务；维护国（边）境地区的治安秩序；警卫国家规定的特定人员、守卫重要场所和设施；管理集会、游行和示威活动；监督管理公共信息网络的安全监察工作；指导和监督国家机关、社会团体、企业事业组织和重点建设工程的治安保卫工作，指导治安保卫委员会等群众性治安保卫组织的治安防范工作。
1、研究拟定公安工作的方针、政策，起草有关法律法规草案，指导、监督、检查全国公安工作。
2、掌握影响稳定、危害国内安全和社会治安的情况；指导、监督地方公安机关依法查处危害社会治安秩序行为，依法管理户口、居民身份证、枪支弹药、危险物品和特种行业等工作。
3、组织指导侦查工作，协调处置重大案件、治安事故和骚乱，指挥防范、打击恐怖活动。
4、依法管理国籍、口岸边防检查工作；指导、监督消防工作、道路交通安全、交通秩序以及机动车辆、驾驶员管理等工作。
5、指导、监督地方公安机关对国家机关、社会团体、企事业单位和重点建设工程的治安保卫工作以及群众性治安保卫组织的治安防范工作和公共信息网络的安全监察工作。
6、指导、监督地方公安机关依法承担的执行刑罚和监督、考察工作；指导对看守所、拘留所、强制戒毒所等的管理工作。
7、组织实施对党和国家领导人以及重要外宾的安全警卫工作。
8、组织实施公安科学技术工作；规划公安信息技术、刑事技术建设。制定公安机关装备、被装配备和经费等警务保障标准和制度。
9、组织开展同外国、国际刑警组织和香港、澳门特别行政区及台湾地区警方的交往与业务合作，履行国际条约和合作协议。
10、统一领导公安边防、消防、警卫部队建设，对武警总部执行公安任务及相关业务建设实施领导和指挥。
11、制定公安机关人员培训、教育及宣传的方针和措施；按规定权限管理干部；指导公安机关法制工作；制定公安队伍监督管理工作规章制度，指导公安机关督察工作；查处或督办公安队伍重大违纪事件，维护公安民警正常执法权益。
中华人民共和国司法部是主管中国司法行政工作的中华人民共和国国务院组成部门。司法是中国国家政权的重要组成部分，在中国司法体系和法制建设中占有重要地位。部门职责编辑
司法部是主管全国司法行政工作的中华人民共和国国务院组成部门。根据《国务院办公厅关于印发〈司法部主要职责内设机构和人员编制规定〉的通知》（国办发〔2008〕64号），主要承担以下职能：
（一）拟订司法行政工作方针、政策，起草有关法律法规草案，制定部门规章，制定司法行政工作的发展规划并组织实施。
（二）负责全国监狱管理工作并承担相应责任，监督管理刑罚执行、改造罪犯的工作。
（三）负责全国劳动教养管理工作并承担相应责任，指导、监督劳动教养的执行工作，指导、监督司法行政系统戒毒场所的管理工作。
（四）拟订全民普及法律常识规划并组织实施，指导各地方、各行业法制宣传、依法治理工作和对外法制宣传。
（五）负责指导监督律师工作、公证工作并承担相应责任，负责港澳的律师担任委托公证人的委托和管理工作。
（六）监督管理全国的法律援助工作。
（七）指导、监督基层司法所建设和人民调解、社区矫正、基层法律服务和帮教安置工作。
（八）组织实施国家司法考试工作。
（九）主管全国司法鉴定人和司法鉴定机构的登记管理工作。
（十）参与有关国际司法协助条约的草拟、谈判，履行司法协助条约中指定的中央机关有关职责。
（十一）指导司法行政系统的对外交流与合作，组织参与联合国预防犯罪组织和刑事司法领域的交流活动，承办涉港澳台的司法行政事务。
（十二）负责司法行政系统枪支、弹药、服装和警车管理工作，指导、监督司法行政系统计划财务工作。
（十三）指导、监督司法行政队伍建设和思想作风、工作作风建设，负责司法行政系统的警务管理和警务督察工作，协助省、自治区、直辖市管理司法厅（局）领导干部。
（十四）承办国务院交办的其他事项。
