一、呱呱泡蛙进化
1、抵达卡洛斯地方！梦想与冒险的开始！！（XY001）得到呱呱泡蛙
剧情简介：到达道馆后，小智因为没有收集足够的徽章而掉入道馆的机关，被直接送出道馆的外部，眼看就要摔了下去，路过的希特隆和柚丽嘉救下了小智和皮卡丘，之后，柚丽嘉提议让希特隆和小智做宝可梦对战，眼看小智就要获得胜利，火箭队三人住跑出来捣乱，这时跟着小智多时的呱呱泡蛙也出来帮忙，击退火箭队后，呱呱泡蛙因为体力不支倒了下去...
2、忍术对决！呱头蛙对龟足巨铠!!（XY052）呱呱泡蛙进化呱头蛙
剧情简介：小智一行人在对战特训中，重遇受伤的三平和甲贺忍蛙。三平接受了任务，要将神秘卷轴送去一间大屋，并被神秘的面具忍者袭击。小智几个决定帮助三平，一起前往大屋。途中他们再次遇上面具忍者并开始战斗！
3、欢迎来到忍者村！英雄甲贺忍蛙的传说（XY099）呱头蛙进化甲贺忍蛙
剧情简介：小智在前往映雪市途中遇上三平和甲贺忍蛙，三平并邀请小智一行人参加忍者村的祭典。他们第一次到访忍者村，认识了三平的兄长一平和二平，并和村民交流。但此时忍者村突然被神秘的忍者军团袭击！
二、小箭雀进化
1、呱呱泡蛙VS小箭雀！空中机动对战!!（XY003）得到小箭雀
剧情简介：小智的呱呱泡蛙因为无法忍受小箭雀的野蛮而主动攻击，但攻无法对抗在天空自由飞翔的小箭雀，小箭雀极快的速度也让小智决定收服它。希特隆使用机器发出音波想吸引小箭雀靠近，却引来一大群大针锋来攻击，最后机器爆炸三人跌落山谷。
看到周遭地形的小智，决定让呱呱泡蛙利用地形的高低差来与小箭雀进行空战，最后顺利打败并收服小箭雀，三人继续向白檀市前进。同时莎莉娜到达了密阿雷市的研究所准备并挑选自己的初学者神奇宝贝。
2、现世的洞窟！镜之国的小智和小智!?（XY036）小箭雀进化火箭雀
剧情简介：小智一行人在旅程途中来到镜穴，那里有很多大小不同的镜子，此时发生了不可思议的事件，在镜中另一个小智把皮卡丘抢走了！小智为了取回皮卡丘二话不说冲进了镜子里，并去了另一个世界！在另一个世界的同伴跟原本的有很大分别：好胜的莎莉娜，跑得很快的希特隆，有大小姐气质的柚丽嘉…
3、 断裂的树枝、挫败的心！长尾火狐的强（XY085）火箭雀进化烈箭鹟
剧情简介：在训练中，长尾火狐不小心将树枝折断，找人修复时却被告知无从修起。在神奇宝贝对战中突遇火箭队，长尾火狐用折断的树枝放出了大字火，当小智一行来到山脚下。火恐龙的突然出现让他们知道特多罗巴就在附近,原来他的目标是拍摄照片的传说神奇宝贝火焰鸟，但火焰鸟认为他们是敌人，并打算攻击他们…
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