考试试题不同、课程设置不同、培养方式不同、读博要求不同、导师制度不同
1．考试试题不同
目前专硕考试的趋势是统一考英语二和经济学联考综合：英语二较英语一考察的英语词汇量更少、分析能力要求更低、难度相对小；经济类联考综合考察数学知识简单，基本为初高中内容，添加逻辑能力的考察，整体难度小于数三。、
2．培养方式不同
金融硕士 应用型硕士 2年 自费
金融学硕士 学术型硕士 一般3年 公费或自费或委培
3 ．课程设置不同
在课程设置上金融学硕士作为学历教育，重点是基础教育、素质教育和专业教育，偏重理论知识的掌握和学习；金融硕士作为职业教育，则更多偏重于实务，学习的目的是为了解决实际工作中的问题。例如，金融学硕士第一年会着重学习高级微观、高级宏观、中级金融理论、金融思想史；金融硕士则不要求，更侧重于金融工具、计量经济学、统计学、证券投资的学习。
4．导师制度不同
按照教育部指导规划，专业硕士采取双导师制度，即社会导师和校内导师双导师。
5．读博要求不同
专业硕士不能直博，即不能直接保送读博，但仍可以考博；学术型硕士目前改革试点院校提供较少比例的直博名额，入学筛选后确定。
6．总结——金融专硕代表未来方向
2012年是金融专硕面向应届生招生的第二年，尚无毕业生，部分应届考生对专硕就业持消极态度。事实上，随着2012年硕士招生的改革不断推进，专硕已经开始于学硕并驾齐驱，后者注重研究型人才培养，前者注重应用培养，各有所长；从中央财经、人大10级会计专硕的就业趋势来看，完全不逊于学硕。金融专业本身就具有实践性强的特点，两年的全日职专业硕士（学硕一般三年）的培养方式更能满足就业的需要。长期以来社会上一直存在大学教育与社会实践。
经济学和金融学都是研究经济现象，但是经济学会比较全面的研究社会中存在的经济现象，而金融学只是研究金融这一个领域的经济现象。所以经济学和金融学最大的区别是研究对象的不同。
