王菲第一人丈夫,窦唯,前黑豹乐队主场,曾红极一时,是中国早期最著名的摇滚乐手之一。1996年7月,窦唯与王菲奉子成婚。1997年1月王菲在京生下女儿窦靖童。1999年8月,窦唯与王菲正式离婚。
2000年6月,王菲与谢霆锋恋情曝光。2002年1月,张柏芝为慈善飞车表演发生意外,谢霆锋随即前往探视2002年3月,谢霆锋、张柏芝被人偷拍到的同游泰国的照片被放上网络,两人恋情正式曝光200年3月28日,谢霆锋接受电台访问时,暗示他已与王菲分手。陈家瑛在微博斥谢霆锋王菲大婚消息不实2003年11月,香港传出消息王菲和谢霆锋又分手了。2014年9月21日,王菲经纪人承认“锋菲”复合,否认王菲怀谢霆锋骨肉。
2003年,王菲在上海拍戏,李亚鹏飞往上海为王菲设宴庆祝生日,当众示爱。2004年7月,王菲和李亚鹏恋情曝光。2005年7月,王菲和李亚鹏结婚。2006年5月,王菲产下小女儿,取名李嫣。7月,两人带女儿去美国治疗兔唇,之后共同成立“然基金会”,关注唇腭裂患儿。在12月26日的“嫣然慈善基金答谢会”上募集到1200万善款。2010年,李亚鹏拍摄《将爱情进行到底》,王菲力挺老公献唱主题曲《因为爱情》。。2014年5月27日,王菲与李亚鹏的女儿李嫣8岁的生日,王菲在微博上晒出了一张李嫣正在学跳舞的照片,并与李亚鹏一起为女儿举行了庆生会。